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Dans cette saison, il n’y a pas de grande évolution dans leur relation. L’épisode « Christina » est classé, mais la confiance et complicité sont difficiles à réinstaurer, malgré tout. L’apparition de Ray (3.14 Sous le masque), le premier amour de Lilly marque le retour de leur complicité. Scotty profite donc de la déstabilisation de sa collègue pour la taquiner à ce sujet. Mais, cette attitude cache en fait une forme d’inquiétude encore une fois. On voit bien à partir de ce moment, que le côté protecteur de Scotty a pris le dessus.
C’est dans l’épisode 3.15 (Brebis égarées) que l’on note le retour d’un début de complicité. Scotty est au centre d’une réouverture d’affaire. Alors qu’il travaillait aux stups sous couverture, une jeune Colombienne passeuse de drogue est retrouvée morte. Le hic, c’est que la couverture de Scotty, à l’époque, était de « récupérer » les passeurs à l’aéroport pour les conduire au dealer. Il connaissait donc la victime. La situation est donc inversée. C’est Lilly qui s’inquiète pour son collègue, elle essaie de tout faire pour retrouver le meurtrier, mais Scotty ne lui confie que le minimum. Cependant, on voit bien que quelque chose a évolué entre les deux inspecteurs.
Là encore, c’est dans le dernier épisode de la saison (3.23 Joseph), que la complicité marque son grand retour. Une affaire touche professionnellement voire personnellement Lilly. Elle en arrive à commettre une erreur… Scotty est le premier à remarquer l’étrange attitude de sa collègue. Elle ‘sèche’ une journée de boulot, il n’est pas convaincu de l’excuse qu’elle lui donne. Lilly enquête donc en solo pour retrouver le meurtrier de Joseph Shaw. Sauf que ce dernier est toujours vivant, et que Lilly le découvre et aussi le reste de l’équipe.
C’est alors que Scotty va voir Lilly chez elle afin de lui demander des comptes sur son attitude. Même si au début elle essaie de nier, elle voit que son collègue n’est pas dupe. Elle lui avoue donc ce qu’elle a essayé de faire, et ainsi qu’elle commence à éprouver des sentiments pour ce Joseph. Scotty réagit alors comme un ami, et accepte de la couvrir auprès de Stillman. C’est alors que Lilly demande à Scotty avant qu’il ne parte de soigner sa main (qu’il a de cassée suite à un passage à tabac d’un potentiel pédophile (3.22 Dernière mise)). Ils se sourient, et c’est à ce moment, que l’on voit que leur relation a encore évolué. A la fin de l’épisode, Lilly va rejoindre Joseph, tandis que Scotty regarde inquiet la place vide à côté de lui dans leur bar.
